Trama

Ash Ketchum, Brock e Lucinda raggiungono la città di Michina dove, durante una pausa, ingaggiano una battaglia doppia contro due giovani ragazzi che coltivano angurie. Una volta sconfitti, ai protagonisti viene consigliato di visitare le rovine della città.

Quando i ragazzi giungono ai bordi uno specchio d'acqua nei pressi delle rovine, una distorsione spaziotemporale causa un vortice che tenta di risucchiare Pikachu e Piplup. Tuttavia una ragazza, arrivata di corsa sul luogo, invoca Dialga e chiede al Pokémon leggendario di salvare i due Pokémon. Dialga recupera Pikachu e Piplup e richiude lo strappo dimensionale.

Nel frattempo dalle acque emerge il Pokémon leggendario Giratina che attacca Dialga. Ash e Lucinda tentano di convincere Giratina a smettere di attaccare il Pokémon che ha appena salvato i loro starter. Anche la ragazza che ha invocato Dialga, Sheena, prova a comunicare con Giratina, ma il Pokémon è troppo adirato per sentir ragioni. Tuttavia quando Ash e Pikachu si avvicinano al Pokémon leggendario, Giratina ricorda gli eventi precedenti e smette di lottare. L'ulteriore intervento di Sheena convincerà il Pokémon a tornare nel Mondo Inverso.

Sheena si presenterà quindi al gruppetto, spiegando di avere l'abilità di comunicare con i Pokémon e raccontando la leggenda di un allenatore e del suo Pokémon elettrico che ha modificato il destino di Michina. Brock ovviamente s'innamorerà della ragazza, ma verrà colpito dal Velenpuntura di Croagunk.

Un'altra distorsione causa un vortice che tenta di risucchiare Dialga ma l'intervento di Palkia salverà il Pokémon leggendario. Sheena comunicherà ai due Pokémon di essere grata ed essi ritorneranno nelle rispettive dimensioni. Il Team Rocket nel frattempo ha assistito alla scena e Jessie vorrebbe impadronirsi del potere di Sheena.

I ragazzi vengono quindi accompagnati all'interno delle rovine e viene mostrato loro l'Asse Spaziotemporale. Grazie a questo strumento Sheena e Kevin hanno registrato distorsioni spaziotemporali nella città di Álamos e nei pressi di Gracidea. Sheena spiega che oltre al Mondo Inverso e alle dimensioni di Dialga e Palkia, esiste una dimensione in cui vive Arceus. Gli effetti causati dai vortici provenienti da questa dimensione hanno causato le distorsioni che hanno portato Dialga e Palkia a scontrarsi. La battaglia si è poi ampliata con l'intervento di Giratina.

Secondo una profezia Arceus si è sacrificato per salvare la Terra da una pioggia di meteoriti, perdendo nel tentativo le 16 Placche della Vita che hanno lo scopo sia di difendere il Pokémon dagli attacchi che a tenerlo in vita. Tuttavia Damos recuperò le Placche e riportò Arceus in vita. La gratitudine spinse il Pokémon a privarsi di 5 delle sue Placche (quelle della Terra, dell'Acqua, dell'Erba, dell'Elettricità e del Drago) per creare il Gioiello della Vita, un particolare tesoro in grado di far splendere rigogliose le terre di Michina. Arceus affidò il Gioiello a Damos chiedendogli di restituirlo in occasione della prima eclissi solare. Tuttavia Damos disobbedì e invece di consegnarsi il tesoro, attaccò il Pokémon che, arrabbiato, distrusse il tempio e si rifugiò nella sua dimensione, con la promessa di tornare un giorno per distruggere la Terra.

Lo scopo di Sheena, discendente di Damos, è quello di restituire il Gioiello della Vita ad Arceus una volta che il Pokémon uscirà dalla sua dimensione. Al termine della spiegazione Arceus decide di attuare la sua vendetta nei confronti di Michina ed inizia a demolire le rovine. Sheena prova a fermare il Pokémon consegnandogli il Gioiello, ma Arceus distrugge l'oggetto in possesso di Sheena, rivelando che è un falso. Adirato attacca la ragazza e le impedisce di comunicare tramite il suo potere, per via dell'eccessiva collera. Tuttavia Dialga e Palkia intervengono per salvare i giovani dalla furia di Arceus.

Gli attacchi dei due Pokémon leggendari si rivelano inutili per via delle Placche di Arceus. Solo Pikachu riuscirà a sferrare un colpo nei confronti del Pokémon che è privo della difesa all'elettricità. Nel frattempo anche Giratina tenta di difendere gli umani, anche se Arceus è immune agli attacchi del Pokémon leggendario. Mentre Palkia tiene impegnato Arceus, Dialga spedisce Ash e i suoi amici indietro nel tempo, al giorno in cui Damos tradì Arceus.

I ragazzi assistono a Damos che convince il Pokémon ad entrare all'interno del tempio a riprendersi il Gioiello, tuttavia lo inganna con una contraffazione e lo attacca (utilizzando Pokémon come Luxray e Manectric e causando una pioggia di massi). Arceus irato distrugge il tempio e, per mettersi in salvo, Sheena chiede a Dialga di riportarli ulteriormente indietro nel tempo.
Pichu Spunzorek

Nel frattempo lo scontro tra Arceus, Giratina e Palkia continua ad infuriare nel presente e Dialga perde i sensi, portando quindi i ragazzi a ritrovarsi a Michina, dove vengono arrestati dagli uomini di Marcus. I ragazzi vengono ipnotizzati da Bronzong e condotti in cella, mentre Sheena viene ricevuta da Marcus. Pikachu e Piplup vengono invece rinchiusi insieme ai Pokémon di Damos, ma verranno salvati dal Pichu che ha assistito alla scena dell'arresto.

In prigione i ragazzi incontrano Damos, arrestato dallo stesso Marcus. Capiscono così che Damos ha subito l'ipnosi di Bronzong in modo da poter essere manipolato da Marcus, che lo ha convinto a raggirare Arceus e gli spiegano che quelle che loro chiamano "Creature Magiche" nel futuro saranno chiamate Pokémon e contenute in Poké Ball.

Altrove Sheena e Marcus discutono del futuro, mentre Piplup, Pikachu e Pichu fuggono attraverso i condotti. I Pokémon giungeranno fino alle cucine dove spaventeranno un'inserviente e liberanno il Chikorita e il Cyndaquil costretti ad effettuare compiti gravosi.

Damos racconta quindi la sua storia ai ragazzi: dopo aver assistito al salvataggio della Terra da parte di Arceus, tenta di comunicare con il Pokémon in fin di vita. Il cuore di Arceus gli indica la direzione della prima Placca e Damos provvede a recuperarla e a riportarla al Pokémon. Grazie a questa Arceus riuscirà a riottenere le altre e ritornerà al massimo del suo vigore.

I danni provocati dalla pioggia di meteoriti sono comunque ingenti e solamente con l'ausilio del Gioiello della Vita Michina riuscirà a superare l'inverno. A conferma della gratitudine, Damos inoltre costruisce un tempio in onore del Pokémon leggendario.

Purtroppo Sheena rivela alcuni dettagli sulle debolezze di Arceus a Marcus e quest'ultimo la convince a consegnare personalmente il bastone contenente il Gioiello ad Arceus, dopo averne rimosso il tesoro.

Pichu continua a vagare nel palazzo, fino a riuscire, con l'aiuto di un Totodile, a recuperare le chiavi della cella di Damos mentre nel presente Jessie trova il bastone contenente il vero Gioiello. Damos evade dalla cella e tenta di raggiungere Arceus, che vuole riottenere il Gioiello della Vita. Il Pokémon leggendario scopre di essere ingannato e viene attaccato dai Pokémon di Marcus.

Marcus ha modificato la sua strategia al fine di seppellire Arceus sotto una coltre di "acqua d'argento". Damos e Sheena tentano di utilizzare le loro abilità congiunte mentre Ash e i suoi amici tentano di recuperare il Gioiello. I protagonisti riescono a bloccare gli attacchi dei Pokémon controllati da Marcus e a sconfiggere, con l'aiuto di Chikorita, Cyndaquil, Totodile ed un gruppo di Rattata, il Bronzorg e l'Heatran di Marcus. Quest'ultimi verranno inoltre liberati da Pikachu e Piplup e si ribelleranno al loro allenatore.

Ash riesce a recuperare il Gioiello della Vita mentre Damos tenta di comunicare con il Pokémon, ma la morte di Arceus sta causando un paradosso temporale che provoca la scomparsa dei protagonisti. Quando Pikachu è già svanito, Damos riesce a mettersi a contatto con Arceus che comprende di non essere stato tradito. Nello stesso momento il Gioiello della Vita, tenuto in mano da Ash, si scompone in 5 Placche che tornano a far parte di Arceus. Il Pokémon quindi risorge e ringrazia Ash e Pikachu. Per evitare il crollo del tempio Arceus fa uso dei suoi poteri ma questo lo spinge a ritirarsi nella sua dimensione per riposarsi a causa dello sforzo.

Ash e i suoi amici tornano nel presente e vedono Giratina, Dialga e Palkia sfiniti e Arceus pronto a scagliare il suo attacco finale. Ash intima il Pokémon di fermarsi. Arceus, riconoscendo l'allenatore, ripercorre gli eventi e decide d'interrompe la distruzione.

Michina torna ad essere un paradiso terrestre mentre il Gioiello della Vita tenuto in mano da Jessie si dissolve istantaneamente. I raggi di sole faranno recuperare la salute ai tre Pokémon leggendari. Brock fa notare la stranezza che, sebbene Arceus abbia ricevuto il Gioiello, Michina sia rimasta una città florida. Arceus spiega che tutto ciò che vedono non è merito suo, ma del lavoro degli antenati di Sheena che hanno lavorato duramente per rendere Michina un paradiso terrestre.

I Pokémon ritornano quindi nelle rispettive dimensioni e Kevin nota un'iscrizione raffigurante Ash ed i suoi amici che riporta le parole:
« A tutti i miei carissimi figli del futuro che mi hanno insegnato ad avere fiducia, esprimo a tutti voi la mia speranza e il mio desiderio più sincero che il mondo futuro diventi di giorno in giorno più bello e che questo sia esattamente il tipo di mondo in cui vi trovate ora »

(Damos)

Nel corso dei titoli di coda Ash, Brock e Lucinda mangeranno delle pannocchie insieme ai giovani con cui hanno lottato all'inizio del film, mentre il Team Rocket scambierà un Voltorb per un'anguria. Appaiono inoltre le incisioni degli abitanti di Michina che collaborano con i Pokémon e i personaggi dei precedenti due film, tra cui i leggendari Darkrai e Shaymin.

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1° Parte